水下工程研究所取得的主要成果包括：

（1）作为独立承担单位或者主承担单位完成8种型号的海底管线或电缆埋设系统研制，获得多项国家和省部级奖励，在该领域占据国内领先地位。

（2）主持完成7103深潜救生艇，是我国目前为止自主研制的唯一一艘深潜救生艇。获得1989年获得国家科技进步一等奖。

（3）主持完成6000米深海拖曳观察系统，是目前我国自主研制的潜深最大的光学拖体，获得2000年国家科技进步二等奖。

（4）负责大型载人潜水器“海底管线电缆维修装置”设计和自动航行模型验证，获得国家技术发明二等奖。

（5）参与我国第一个深海无缆水下机器人CR-016000米自治水下机器人研制，获得1998年国家科技进步一等奖。

（6）主持完成3500米观察取样型无人遥控潜水器，是目前我国自主研制的潜深最大的作业型无人遥控潜水器。2009年在太平洋发现大型深海热液喷口，创造了我国深海潜水器精细调查取样的记录。

（7）主持完成国内首台海底水平定向钻机，工作深度最大达到200米，海底定向钻进距离100米，可用于海上打捞沉船、沉物，深海钻探取样，海底特种管线安装。

（8）2011年主持完成国内能力最强水下重载开沟机，埋管深度最大达到4米，管径1.5米，可用于各种海底石油管线的埋设，其总体技术达到国际领先水平。